C'est vrai que c'est rageant pour ceux dont les résultats ne pourront pas être pris en compte mais les règles sont claires :

D'une part :
"Au cours de la saison, l’actualisation du classement national et la qualification pour l’épreuve suivante ont lieu après chaque circuit."

D'autre part :
"Apres le troisième circuit, trois épreuves sont comptabilisées. (Circuits et / ou épreuves validée par les ligues)"

Enfin :
"Chaque ligue communique à la FFE avant le premier circuit national de la catégorie concernée une liste de trois épreuves par arme et par catégorie à ajouter aux quatre épreuves nationales (3 circuits nationaux plus les Championnats de France)."

Chaque ligue sait ça quand elle fixe son propre calendrier, celles qui organisent FFE3 après le CN3 savent donc que cette épreuve ne sera pas prise en compte.

Le problème ne se pose pas pour FFE1 et FFE2, qui sont les épreuves qualificatives pour les deux premiers circuits nationaux, qui se déroulent donc forcément avant et qui sont prises en compte dans les actualisations qui suivent CN1 et CN2.